La struttura è dotata di tre parcheggi esterni: quello Nord, quello Est e il multipiano, detto Sud, che si sviluppa su 4 livelli, di cui 3 fuori terra. A questi si deve aggiungere quello riservato alla camera mortuaria, situato a sud – ovest, lungo Via Failoni. Da tutti i parcheggi partono i vialetti pedonali che portano all’Hospital Street. Il parcheggio multipiano è collegato all’ospedale con un percorso coperto.
Maggiori informazioni, anche sulle tariffe e sulle agevolazioni previste per i disabili e per le degenze lunghe, sono disponibili sul sito dell'azienda che ha progettato e realizzato i parcheggi a servizio dell'Ospedale Papa Giovanni XXIII e che si occupa della loro gestione, Bergamo Hospital Parking.
Per gli utenti del Pronto Soccorso sono a disposizione dei posti auto gratuiti in prossimità dell'ingresso e alla base della rampa d'accesso. L'accesso è subordinato alla disponibilità dei posti mediante rilascio di Pass temporanei al momento dell'ingresso in prossimità della sbarra.
I pazienti in possesso di apposito Pass rilasciato in precedenza dal reparto (onco-ematologici, emodializzati, e radioterapici) possono usufruire di un parcheggio dedicato agli utenti protetti, posto vicino all’ingresso Nord.
Per entrambi l'ingresso è dall'accesso del Pronto Soccorso, lungo Via Brambilla.
Il Pass deve essere in entrambi i casi obbligatoriamente esposto sul parabrezza.
Per motivi di sicurezza è vietato sostare lungo la viabilità principale o fuori gli stalli di sosta, lasciando sempre libero il passaggio alle autombulanze e ai mezzi di soccorso.